Έως τα μέσα του 17ου αιώνα, τα σημαντικότερα από τα μνημεία της Ακρόπολης παραμένουν, σε γενικές γραμμές, άθικτα, όπως δείχνουν τα σχέδια των Ευρωπαίων περιηγητών. Το 1654 όμως ένας κεραυνός πέφτει στα Προπύλαια και η πυρίτιδα που είναι μέσα αποθηκευμένη εκρήγνυται, προκαλώντας μεγάλες καταστροφές στο κτήριο. Το 1686 οι Τούρκοι, μπροστά στην απειλή του βενετσιάνικου στρατού του στρατηγού Morosini, κατεδαφίζουν τον ναό της Αθηνάς Νίκης για να χρησιμοποιήσουν το δομικό υλικό του στην ενίσχυση του τείχους και την κατασκευή προμαχώνα μπροστά στα Προπύλαια. Το 1687 έρχεται η σειρά του Παρθενώνα: πολλά αρχιτεκτονικά μέλη του ναού διασκορπίζονται στον βράχο της Ακρόπολης, λόγω της ανάφλεξης της πυρίτιδας που είναι αποθηκευμένη στο εσωτερικό του. Τον 18ο αιώνα οι ξένοι περιηγητές που επισκέπτονται την Ακρόπολη συνηθίζουν να παίρνουν μαζί τους και κάποιο αρχαίο θραύσμα, ως ενθύμιο. Ωστόσο, η συστηματική λεηλασία του βράχου γίνεται στις αρχές του 19ου αιώνα, από τον πρεσβευτή της Μεγάλης Βρετανίας στην Κωνσταντινούπολη Thomas Bruce, έβδομο λόρδο του Elgin, ο οποίος καταφέρνει να εξασφαλίσει από τον Σουλτάνο άδεια (φιρμάνι) έρευνας στην Ακρόπολη, όχι όμως και άδεια απογύμνωσης των μνημείων από τα γλυπτά τους. Παρ’ όλα αυτά, τα συνεργεία του αφαιρούν μεγάλο μέρος από τα γλυπτά που έχουν απομείνει στον Παρθενώνα, μία από τις Καρυάτιδες του Ερεχθείου, τέσσερις λίθους της ζωφόρου της Αθηνάς Νίκης και άλλα αρχαία, τα οποία μεταφέρονται στη Μεγάλη Βρετανία.
Το 1833 η τουρκική φρουρά αποσύρεται οριστικά από την Ακρόπολη που το 1834 ανακηρύσσεται, από το νεοϊδρυθέν ελληνικό κράτος, αρχαιολογικός χώρος. Τότε αρχίζει η συγκέντρωση των αρχαίων που βρίσκονται σκόρπια στον βράχο, για να προστατευτούν και να στεγαστούν. Ο αριθμός τους, που αυξάνεται συνεχώς με τα ευρήματα των ανασκαφών που διενεργούνται στις επιχώσεις επάνω στον ιερό βράχο, κάνει επιτακτική την ανάγκη δημιουργίας ενός Μουσείου. Έτσι, ξεκινά η αναζήτηση κατάλληλου χώρου, η οποία το 1863 οδηγεί στην απόφαση να ανεγερθεί το Μουσείο στη βάθυνση του εδάφους νοτιοανατολικά από τον Παρθενώνα. Το Μουσείο θεμελιώνεται το 1865, ολοκληρώνεται το 1874 και στεγάζει τα ευρήματα των πρώτων ανασκαφών της Ακρόπολης. Στην πορεία, ωστόσο, αποδεικνύεται πως δεν επαρκεί για το πλήθος των νέων ευρημάτων που φέρνουν στο φως οι συνεχιζόμενες μεγάλες ανασκαφές κι έτσι το 1888 κατασκευάζεται ένα δεύτερο μικρό κτήριο, δίπλα στο πρώτο. Τελικά, μετά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο το παλαιό κτήριο αναμορφώνεται ριζικά και λειτουργεί ως το 2007.
Το 1975 συστήνεται η Επιτροπή Συντήρησης Μνημείων Ακρόπολης (ΕΣΜΑ), με σκοπό την εξέταση όλων των κινδύνων που διατρέχουν τα μνημεία της Ακρόπολης και την υποβολή μελετών. Το πρώτο κτήριο που δέχθηκε την φροντίδα της ΕΣΜΑ είναι το Ερέχθειο, από το οποίο απομακρύνονται οι Καρυάτιδες το 1979 για να σωθούν από την ανελέητη φθορά που τους προκαλεί η έκθεση στο ύπαιθρο και μεταφέρονται στο Μουσείο του βράχου. Τότε δημιουργείται νέο πρόβλημα επάρκειας χώρου και συγχρόνως η σκέψη κατασκευής ενός νέου μουσείου, αυτή τη φορά όμως όχι επάνω στον ιερό βράχο.
Το 2000 πραγματοποιείται αρχιτεκτονικός διαγωνισμός, ο οποίος οδηγεί στην επιλογή της πρότασης του Bernard Tschumi και του Έλληνα συνεργάτη του Μιχάλη Φωτιάδη. Το νέο Μουσείο της Ακρόπολης κατασκευάζεται στα νότια της Ακρόπολης, σε απόσταση 300 μέτρων από τα μνημεία της. Η θεμελίωση του πραγματοποιείται στις 30 Ιανουαρίου του 2004 και τα εγκαίνιά του στις 20 Ιουνίου του 2009.
